斗罗大陆3龙王传说故事结束一万年后，冰化了，斗罗联邦科考队在极北之地科考时发现了一个有着金银双色花纹的蛋，用仪器探察之后，发现里面居然有生命体征，赶忙将其带回研究所进行孵化。蛋孵化出来了，可孵出来的却是一个婴儿，和人类一模一样的婴儿，一个蛋生的孩子。

太古时期，天庭部将帝释天弑杀天帝，篡得大权。为弭除异己，他对修罗王一族展开无情屠杀，只有年幼的阿修罗侥幸逃出。夜叉王、龙王、迦楼罗王护送阿修罗一路逃亡。预言中摧毁帝释天恐怖统治的六星逐渐聚集，势将成为灭天之破。为了阻止六星集结，帝释天命令天军将阿修罗一行引至夜叉王的故乡。原来这里隐藏着一个连夜叉一族

在1999年，一艘外星宇宙战舰坠落到了地球，人们用了了十年的时间修复并取名为MACROSS。2009年，MACROSS要塞正在举办一场偶像歌星林明美（饭岛真理 配音）的演唱会，突然空袭警报响起，要塞开始了变形。战斗中，一条辉（长谷有洋 配音）驾驶着变形战斗救下一名少女，战机却由于速度过快撞进外层舱室

数百年前，天庭部将帝释天（若本规夫 配音）谋反杀害天帝，篡得大权。在此之后，他杀掉与之为敌的修罗王，并诛杀阿修罗一族。夜叉王（速水奖 配音）、龙王（山口胜平 配音）、迦楼罗王带着修罗一族唯一的子嗣阿修罗（伊仓一寿 配音）一路躲避天军的追赶，这一日终于来到善见城的脚下。根据九瞿的预言，最后一个斗星正在

省吾達の帰還から数百年が経った時代。人々はコンピューターシステムに支配された街「エデンシティ」で暮らしていた。それは、かつての人類の過ちを繰り返さない為に取られた手段だった。しかし、その支配を嫌ったレジスタンスによる反攻作戦が開始される。　　そして明らかになった支配者ウォン・ダイの正体は、あの矢作省

從人類的足跡踏出太陽系，開始在地球以外的行星殖民之後，宇宙間慢慢出現了許多獨立的行星國家。為了維持基本秩序，並避免星際間的摩擦惡化成宇宙戰爭，各獨立行星政府達成協議，成立了類似於聯合國的組織－「宇宙行星聯合」，以保障全人類的安全、自由與和平。當各星系在「宇宙行星聯合」有效的維持之下逐漸繁榮，隨著而來